登記はどちらでもできます。どちらでもよいというのが回答になりますが、例えば、自宅を本店にすると、自宅一部を本店という会社の事務所に使用している事になり（実際にそうである場合ですが）自宅の使用割合などをもとに家賃を支払うことができ経費になります。

　例えば自宅を本店とすると、自宅を移転するときは本店移転登記をしなければならず登録免許税がかかりますので、移転予定のある事務所なら本店としないほうがよいとおもいます。しかし事務所を本店とすると納税地に国・県・市の通知書などが届くため働いているところに届くことになり自宅に届く面倒が無くなるかもしれません。なお届出書に事務所を本店としても、自宅に送付するように書くとそのようになります。よってどちらでもよいというのが答えになります。やりやすいところでよいことになります。