請求書、領収書、納品書などは整然と保存することが求められています。会社で整理する場合でも取引先とのやり取りはあとで税務署に聞かれてもすぐ分かるように整理しておく方がよいです。
会社設立をした直後は社長様1人で経理をおこなうことが多くあると思います。社長様は仕事をしながら経理処理もしていくことになり、忙しさでたまに「請求もれ」が生じることがあるようです。仕事をしたのに請求するのを忘れてしまうことです。これはいたいです。実は私もありました。
このようなことをなくすために手書きのノートに左側受注した仕事、右側進行状況、その右に請求状況にして一覧表を作成することをお勧めします。私はエクセルで受注状況、進行状況、請求状況を一覧表示して忘れないようにしています。しかし、分割払いなどで複雑になると訳がわからなくなることもあります。
それと見積り誤り、これもいたいです。最初からベテランではありませんので、まちがって安い見積もりを出してしまい、赤字になってしまうこともあると思います。または単価を単純にまちがって請求金額を安くしてしまうこともあると思います。会社設立直後におこりやすいミスですが、人件費に十分お金をかけられないためなかなか避けられないです。
回避するにはいつもメモ帳とボールペンを持ち歩くことです。気づいたとき、そのつど書きとめる習慣です。私もいつも紙と赤のペン持ってあるいてます。
経理書類の保存は、やりやすいように自分でルールを作るとよいと思います。現金の領収書・クレジットの領収書・売上の請求書・支払いの請求書とそれぞれボックスを作り、居間などいつもいるところに置いておきます。それぞれのボックスにはここは現金の領収書と分かるようにはっきり赤でみだしをつけます。いつも同じところに分類しておいて、そこに入れておけば月末に一度整理すればよいことになります。
支払いには支払日、売上の請求書には入金日をはっきりとゴム印などを使い赤で書き込んでまとめておくとよいと思います。支払っていないものや入金がないものは一番上に移動しておけば資金繰りも見えてくると思います。
最初に、はっきり整理の方向性を決めれば、むりなく整理ができると思います。